El Sistema de Educación Superior Cubano tiene definido las modalidades de enseñanza siguientes:

Cursos Regular Diurno, para jóvenes bachilleres que obtienen plazas por exámenes de ingreso en las 12 carreras que se estudian en este Instituto, de forma presencial (ver Facultades),  todas con una duración de 5 años lectivos, incluyendo trabajos investigativos, prácticas docentes, más la presentación y discusión de una Tesis final

Curso Regular para Trabajadores, dirigido a los trabajadores, que con título de de la enseñanza media, obtienen plazas por exámenes de ingreso. Está concebido por encuentros presenciales quincenalmente, utilizando para ello parte de la jornada laboral. En la Cujae se incluyen en esta modalidad, Civil, Eléctrica, Telecomunicaciones,Industrial Mecánica y Química. Estos cursos tienen una duración de 6 años lectivos, que contemplan igualmente trabajos investigativos, prácticas docentes, la Tesis final y su discusión. Los acogidos están amparados en las facilidades otorgadas por el Decreto Nº 91.

Enseñanza a distancia asistida. El sistema no presencial permite un modelo de aprendizaje cooperativo, e incorpora los nuevos conceptos surgidos en la tecnología educativa. Se aseguran los materiales didácticos, búsquedas, auto evaluaciones, calificaciones y los servicios de tutorías que pueden seguir el proceso de aprovechamiento de los alumnos. En el acceso se utiliza el correo electrónico, pero además existe una versión en soporte de disco compacto. La carrera de Ingeniería Informática  está diseñada en este soporte digital.

Universalización de la Universidad. Con la creación de sedes universitarias en cada municipio, se logra el acercamiento de las Casas Matrices de Altos Estudios a la comunidad, con el único y justo objetivo de garantizar una mayor inclusión en la Educación Superior. Esta modalidad de enseñanza se incluye en los últimos programas sociales que impulsa la Revolución Cubana en la esfera educacional.

Este programa semi-presencial, en el cual no existe una actividad diaria, reconoce, ante todo, un equivalente entre el graduado universitario de la sede central y de la municipal. El nuevo modelo pedagógico es flexible, se ajusta a las condiciones en que se desarrolla el estudiante con un currículo manejable, que le permite desarrollar otras tareas a la par que estudiar.

Se concibe y se aplica a partir de que el educando gestione sus propios conocimientos, y realice su propia autoeducación pero por supuesto, contando con el vínculo del profesor. Para su mejor desarrollo, los estudiantes cuentan con videoconferencias, a partir de las cuales pueden trabajar en su autopreparación. Esto permite que en todos los lugares del país se reciba la misma clase, impartida a través de esa vía por el mejor profesor de cada asignatura.

Los claustros de las sedes municipales están formados en su mayoría por los propios profesionales que trabajan en los territorios, quienes requieren un proceso de capacitación, y reciben un diplomado de Gestión Universitaria. En este  modelo pedagógico tiene un papel esencial el tutor, quien contribuye a la formación instructiva del educando y sirve de enlace con los demás profesores. Debe dominar de manera básica los conocimientos del plan de estudios y personalizar a cada estudiante, para orientarlo a lo largo de toda su carrera. Su función es educativa, con el objetivo de alcanzar una formación general integral y cumplir con el principio de la atención personalizada del alumno durante su paso por la universidad.

Entre las ventajas que ofrece la diseminación de la universidad por todo el país se encuentra que ahora el municipio tiene en su poder, en coordinación con la sede y otros directivos del territorio, la gestión de sus recursos humanos, potencial incalculable para el desarrollo del lugar, tanto cultural como de otras esferas, así como también otros recursos que antes les eran mucho más ajenos.